Het idee was om nieuwe bacteriën te vinden, en hun eigenschappen te bekijken. We waren voornamelijk op zoek naar Pseudomonas-soorten omdat deze veel positieve eigenschappen hebben voor de bio-industrie.

Eén van deze eigenschappen is het kunnen afbreken van plastic, iets wat erg nuttig zou kunnen zijn bij het oplossen van de plastic problemen. Om plastic-afbrekende bacteriën te vinden is het handig om een stuk plastic op te graven, want bacteriën met een bepaalde eigenschap vind je vaak in een omgeving waar deze eigenschap voordelig is. Ik ben voor mijn gebouw wezen zoeken en heb een mooi stuk plastic gevonden.

Dit stukje plastic heb ik in stukjes geknipt en één prachtig stukje was de geluksvogel die zijn bacteriën af mocht geven in een oplossing Phosphate-buffered saline (PBS). Deze oplossing heb ik drie keer 10x verdund (voor het geval dat er te veel bacteriën op het stukje zaten) en vervolgens hebben we de drie buisjes verspreid over verschillende voedselplaten waar ze op kunnen groeien, genaamd agar platen.

Drie dagen lang hebben zij lekker bij 28⁰C gezeten (terwijl wij het met 11⁰C moesten doen) en zijn ze leuk gaan groeien.

Vervolgens gingen wij met een heel leuk woord “reinstreiken”, een proces waarbij je probeert om zoveel mogelijk bacteriën te krijgen met hetzelfde DNA. Vanuit deze reinstrijkjes kunnen de volgende experimenten worden uitgevoerd.

Deze experimenten geven ons meer inzicht over de eigenschappen van een bacterie. Zo wordt bijvoorbeeld getest of een bacterie bloed afbreekt, omdat dit gevaarlijk zou kunnen zijn om mee te werken. Ook kijken we naar gewenste eigenschappen, zoals het afbreken van plastic en het tegenhouden van schimmels.

Om te zien welke stoffen worden afgebroken, plaatsen we de bacterie op platen met bijvoorbeeld bloed of een plasticsoort. Als de bacterie de stof afbreekt, ontstaat daar een cirkel; dit heet een halo. In de afbeelding kan je deze halo’s goed zien.

Om te kijken naar de antischimmelwerking hebben we meerdere testen uitgevoerd. De eerste was om de bacteriën op dezelfde plaat laten groeien als schimmels en kijken of de schimmels voorbij de bacteriën kwamen.

De tweede test was een lux-assay. Wanneer de celwand wordt aangetast, moeten er stoffen worden gemaakt om de cel te kunnen verdedigen en te repareren. Hiervoor zijn eiwitten nodig. Voor het maken van deze eiwitten heeft de cel een recept nodig wat op het DNA staat, genaamd een gen. Door één van die genen te veranderen naar de genen van een lichtgevend eiwit kun je aan de hand van het licht zien of de celwand wordt aangetast. Als je de bacterie plaatst rond schimmels die dit eiwit produceert, kan dus zo worden gekeken of de bacterie de celwand aantast.

Verder hebben we nog naar het DNA van één van de stammen gekeken en gecontroleerd of het al een bekende stam was. Die van mij was in ieder geval een Pseudomonas soort, maar had de hoogste overeenkomst met Pseudomonas umsongensis, een bacteriesoort die voor het eerst is gevonden in Korea.

In principe heeft dit experiment niet geleid tot nieuwe inzichten, en volgens mij ook niet tot een nieuw ontdekte bacteriesoort die ons heel veel verder gaat helpen. Maar het is wel de basis voor het onderzoek wat sommige van mijn jaargenoten (of ikzelf) uit zullen voeren, en het was ook leuk om te doen. Dus nu weet jij wat de tweedejaars (micro)biologen hebben uitgespookt in april.